در بهار 442 هجری قمری طغرل سلجوقی اصفهان را پس از یک محاصره طولانی و ویرانگر گشود. البته شهر به زودی به تدبیر ابولفتح مظفر نیشابوری که از طرف طغرل به حکومت اصفهان منسوب شده بود، بازسازی شد، 500?000 دینار خرج ساخت بناها شد و سه سال از مردم هیچ مالیاتی گرفته نشد. توسعه? سریع شهری، مردمی که در جریان درگیریها گریخته بودند را دوباره به شهر کشاند، همچنین طغرل پایتخت حکومتش را از ری به اصفهان منتقل کرد. گسترش شهر در زمان آلب ارسلان نیز ادامه یافت، اما در دوران ملکشاه و وزیر باتدبیرش خواجه نظام الملک طوسی بود که شهر به اوج شکوهش رسید به طوری که جمعیت شهر دو برابر شد و بناهای بسیاری در آن ساخته شد.[27]